올해말로 정료되는 톤세제가 2024년 12월 31일까지 5년 연장하는 방안이 확정됐다.

정부는 7월 25일 세제발전심의위원회를 개최해 ‘2019년 세법개정안’을 확정·발표했다. 25일 발표된 2019년 세법개정안에 따르면 조세특례제한법 104조의 10을 개정해 톤세 적용기간을 2019년 12월 31ㄹ일에서 2024년 12월 31일까지 연장될 예정이다.

톤세제는 해운기업의 소득을 해운소득과 비해운소득으로 구분하고 해운소득에 대해서는 실제 영업이익이 아닌 선박의 순톤수와 운항일수를 기준으로 산출한 선박표준이익을 법인세 과세표준으로 할 수 있도록 해주는 특례다.

톤세제는 실효세율이 낮춰지는 효과가 있을 뿐 아니라 법인세 납세액을 미리 예측할 수 있어 해운기업의 경영이 안정화되고 계획적인 투자를 통해 경제력을 확보할 수 있는 장점을 갖고 있으며 선원 고용과 신규 선박 발주 증가 등 국내 해운산업 경쟁력 강화에 크게 기여하고 있다.

그러나 이러한 효과에도 불구하고 톤세제는 2005년에 처음 도입된 이후 5년 단위로 연장하는 방식을 취해왔다. 국회 농림축산식품해양수산위원회 황주홍 위원장은 해운업계에 큰 역할을 하고 있고 그 효과도 이미 검증된 톤세제를 5년 단위로 연장하는 것보다는 영구적인 제대로 존시키는 것이 필요하다며 지난 3월 톤세제 일몰을 10년 연장하는 조특법 개정안을 발의한 바 있다.

한편 2019년 세법개정안에는 그동안 화주가 부담해왔던 컨테이너화물 검사비용을 국가가 부담하는 규정에 새로 신설됐다. 세관은 수출입신고 물품 확인과 마약·총기 등 위해물품 적발 등을 위해 수출입물품의 일부를 선별해 검사하고 있다. 컨테이너 화물의 경우는 별도 지정 검사장소로 이동해 검사하고 있는데 이에 따라 발생하는 이동운송료와 상하차료 적출입료 등의 비용은 화주가 부담하고 있었다.

컨테이너화물 검사비용은 1건당 8만원에서 55만원까지 높아 화주들에게 큰 부담으로 작용해왔다. 특히 컨테이너화물 검사 대상 비중이 중소, 중견기업의 비중이 압도적으로 높아 부담이 너무 크다는 지적들이 제기돼 왔다.

이번 세법개정으로 컨테이너화물 검사비용을 정부가 부담하게 됨에 따라 약 6만개 기업이 160억원 수준의 비용 절감 혜택을 볼 수 있을 것으로 예상되고 있다. 다만 검사결과 밀수출입 등 수출입법령 위반사항이 발견됐거나 수출입신고서와 실제 수출입 물품이 일치하지 않을 경우 해당화주에게 비용을 부담시킬 계획이다.